El Puerto, junto con La Estrella hoy Batey la Estrella), Tabila, Batey Dona Ana (María de Leguizamón), Arroyo Oveja, formaba parte de los tantos hatos que se fundaron a orillas del rio Casui durante los años de la colonia El Puerto fue centro de grades pleitos judiciales  por tierras entre los dueños de los diferentes hatos, fincas, ranchos y hasta ingenios que existieron en sus alrededores. Uno de estos pleitos fue el protagonizado por Francisco Pimentel Figueroa y Francisco Ávila-Lugo Peñalosa, y está registrado en documentos de la Real Audiencia. El Distrito Municipal El Puerto (D.M. El Puerto), comúnmente conocido como El Puerto, forma parte de la provincia de San Pedro de Macorís, junto a Gautier, son los únicos Distritos Municipales de la Provincia; elevando a Distrito Municipal mediante la Ley 1-2000 del 17 de agosto del 2000. Sobre el origen del nombre de El Puerto se han tejido algunas conjeturas que quedan desmontadas al constatar que ya para 1519 este nombre se utilizaba para esta comarca, la cual servía como centro de acopio de las provisiones que se enviarían a Santo Domingo vía rio Casui. Así aparece en algunos documentos antiguos de los Archivos Generales de Indias, aparece como El Casuy o Casui (nombre taino), sin embargo, siempre localizado en su actual demarcación.

El Puerto solo tuvo otro nombre (Casui) durante la época precolombina, cuando formaba parte del cacicazgo de Higuey o Higuanamo, cuyo cacique era Cayacoa. Este distrito municipal tiene una riqueza hidrográfica que le ha convertido en el gran atractivo para la agricultura y la cría de ganados desde mediados del siglo XVI, pero sobre todo como transporto fluvial en los años de la colonia: cuenta con Casui como su principal rio, río Almirante, Guabita, Tosa, Arroyo Corralito (rio estacionario), Arroyo Mata Seca, entre otros.

El Puerto tiene varios parajes, barrios y secciones entre los que se destacan San Gerónimo, en su apogeo lego a ser más poblado que el mismo centro del pueblo, Sabana Madera, Batey Realidad, Batey Echavarria, los barrios de Mata Seca, Galindo, Guabita, y el la Plumita como sección y varios parajes: Los Mameyes, La Batata, La Sosa, La Trocha, Contreras, Sacaturrón, Sabana madera, La Infinita, El Manguito, Higuereta, El Saco, Los Pacheco, Rio Abajo, Arroyo Bernabé, Las Guanábanas, El Fundo, La Loma; y El Proyecto, este último construido como parte de un programa de asentamiento agrario/campesino durante uno de los últimos gobiernos del Dr. Balaguer, a mediados de 1990. Este asentamiento agrario trajo consecuencia que muchos habitantes de los parajes y secciones arriba mencionados, se mudaron al centro del pueblo, convirtiendo sus antiguas casas y terrenos en fincas dedicadas a la producción agrícola. Desde sus inicios, este distrito municipal ha reflejado los rasgos de multiculturalidad, diversidad étnica que se ve en la ciudad de San Pedro de Macorís, en donde descendientes de españoles, cocolos, haitianos y árabes y sus descendientes conviven armoniosamente; esto como parte del acervo etnológico, cultural y socioeconómico heredado de la otrora industria azucarera.